При сушке лекарственные растения изменяются. Еще большему изменению подвергаются они при хранении, постепенно теряя свои лекарственные свойства. Большинство растений становится некачественным через несколько лет, но некоторые портятся в течение года и становятся непригодными к употреблению. В отношении таких растений, как белладонна, наперстянка, белена, дурман, соцветия хмеля (шишки), клубни аконита, болиголов, корневище папоротника, рожки спорыньи (грибницы), семя льна, необходима ежегодная заготовка. Лишь в очень редких случаях при хранении наблюдается улучшение качества растения (корень крушины предпочтительнее употреблять после двухлетнего хранения). Желательно, чтобы срок хранения травы, листьев и цветков не превышал двух пет, а корневищ и корней — четырех-пяти пет. Лекарственное сырье хранят в сухом, проветриваемом помещении.
Для правильного хранения хорошо высушенного материала большое значение имеют место хранения, тара (упаковка). Особенно нужно остерегаться сырых помещений и хранения в незакрытом виде, так как, впитывая влагу, заготовленный материал разрушается, изменяет свой цвет и приобретает затхлый запах. В результате деятельности попавших в сырье микроорганизмов, в частности плесневых грибков, порча его ускоряется. Помещение, в котором будет осуществляться хранение, должно быть сухим, хорошо проветриваться, а также быть доступным для частых осмотров. Хорошим складом может быть неотапливаемая комната при жилом помещении. Те растительные лекарственные материалы, которые содержат сильно ароматические эфирные масла, должны храниться отдельно. Так же отдельно, при полной гарантии невозможности смешивания их с другими, должны храниться все ядовитые вещества.