Подземные органы растений собирают в конце лета или осенью в конце вегетационного развития, когда созрели и начинают осыпаться плоды. У одних растений заготавливают корень (как у одуванчика), у других — только корневище (как у аира), корневище и отделенный от него корень (как у кровохлебки), корневище с неотделенными корнями (как у валерианы), клубень, луковицу. Для восстановления зарослей лекарственных растений в лунку, образовавшуюся при заготовке подземных органов, стряхивают семена или закапывают часть корневища. Подземные органы можно заготавливать и весной, до того как надземные части тронутся в рост. Однако весной собирать их гораздо труднее, так как не всегда сохраняется надземная часть и трудно определить, где растет растение. Когда же появляются побеги с листьями, на образование которых растения затрачивают питательные вещества, содержание биологически активных веществ в сырье снижается. У двулетних растений подземные органы собирают на первом году жизни, осенью, от растений, не имеющих стебля.
Их выкапывают лопатами (болотные растения — вилами), стряхивают землю, отрезают всю надземную часть и промывают водой. Толстые корневища с тонкими корнями (валериана, синюха и др.), чтобы лучше отмыть их от земли, разрезают вдоль на 2—4 части так, чтобы не отрезать корней, разъединяют и моют холодной проточной водой (очень удобно в корзинах, погружая их в реку). Вынимая и погружая корзины, дают стечь грязной воде. Корневища с корнями синюхи и ДРУГИХ растений, содержащих сапонины, промывают быстро. Сырье, содержащее слизь (корень алтея), можно не мыть, а вначале завялить, затем очистить от пробки. Неочищенные корни можно промывать, только очень быстро. При заготовке всех органов растений необходимо вначале ознакомиться с нормативной технической документацией, чтобы знать, каким должно быть лекарственное сырье: длина и толщина стебля у трав, толщина корней и т. д. При сборе лекарственного сырья необходимо оставлять такое количество растений, которое бы гарантировало сохранение природных зарослей (до 10 % от произрастающих). Ниже приводим таблицу, из которой можно узнать о сроках заготовки лекарственных растений.
Листья собирают незадолго до или во время цветения растений. Исключение составляют листья мать-и-мачехи, которые собирают после цветения, так как во время цветения их еще нет, и листья некоторых растений, например, вахты, которые накапливают больше биологически активных веществ после цветения. Срывают нижние листья, оставляя верхние, чтобы не повредить цветению и плодоношению растения. Толстые сочные черешки, замедляющие сушку или содержащие мало биологически активных веществ, удаляют (вахта, мать-и-мачеха, подорожник большой и др.). Жгучие листья крапивы собирают в перчатках или растения вначале скашивают и обрывают листья, когда они завянут и потеряют жгучесть. При сборе мелких кожистых листьев (толокнянка, брусника и др.) сначала срезают верхушки растений, сушат их, после чего листья обрывают, прочесывая стебли, или растения обмолачивают, отбрасывая стеблевые части. Окончательная очистка производится при просеивании.
Под термином «травы» в фармакогнозии подразумевают олиственные и цветоносные стебли травянистых растений. Собирают травы в начале цветения, срезая ножом или серпом надземную часть на уровне нижних листьев. Оголенные стебли не собирают. Если растения обазуют чистые заросли, их скашивают косой, а перед ушкой удаляют посторонние растения. У растений с жесткими стеблями собирают отдельные листья (если они крупные) и цветущие верхушки (полынь, череда, донник) полукустарников срезают надземную часть, после чего обрывают листья и цветы, а стебли отбрасывают. Можно после сушки растения обмолачивать для удаления стеблей, но в этом случае лекарственное сырье чересчур измельчается. Таким образом, у полукустарников под «травой» подразумевается смесь листьев и цветков. Однолетние растения со слишком тонкими и мелкими корнями (сушеница топяная) или, наоборот, с толстыми, но содержащими много действующих веществ, собирают вместе с корнями (одуванчик, чистотел).