Употребление водяной лилии известно только в народной медицине. Знахари пользуются корнями, цветами и плодами растения. Отвар приготавливают из 30 г корней на 0,5 л кипятка, настаивают ночь и употребляют через 2 часа по столовой ложке — при задержке мочи и болях при мочеиспускании. Начинают прием с 6 часов утра и заканчивают в 22 часа, давая отдых ночью. Лечение продолжают 7 дней. При слизетечении из мочевого пузыря и обильных гнойных выделениях пьют винную настойку корня белой водяной лилии: 100 г залить 0,5 л кипящего вина, настоять 48 часов. Употреблять по 40 капель 6-7 раз в день, независимо от еды при инфекционных поражениях мочевого пузыря различной этиологии — как вспомогательное средство фитотерапии при основном лечении.
Горсть свежих цветов водяной лилии, 2-3 цветка с добавлением корня (с половину большого пальца руки) заливают 0,5 л кипятка, настаивают до охлаждения и пьют глотками на протяжении всего дня — при желтухе различной этиологии, сопровождающейся упорными запорами. Лечение продолжать две недели, до исчезновения желтизны на теле. Стакан корней отварить в литре сусла и давать пить по полстакана больным туберкулезом — при кровохарканье. Кормящим матерям дают такое питье по 20 капель на стакан молока 3 раза в день — для увеличения количества грудного молока и при беспокойстве грудничка (младенца). Толченые свежие листья водяной лилии прикладывают с медом при груднице и на воспаленные опухоли, а также к горящим подошвам ног для уменьшения жара и ломоты ног — при подагрическом воспалении. Для той же цели прикладывают разрезанные на пластинки свежие корни.
При головной боли пластинки свежих корней прикладывают к болезненно пульсирующим вискам. 1 стакан корней варят 10 минут на медленном огне в одном литре пива и моют этим отваром голову — от резкого выпадения волос. 3-5 цветков лилии заливают стаканом оливкового масла, настаивают на солнце 14 дней, отцеживают и используют такое масло при увядающей коже — бархатистый оттенок, разглаживание морщин дадут себя знать уже через несколько дней. 10 г сухих корней водяной лилии на 100 г хорошего коньяка настаивать 14 дней — употребление такого напитка по 20 г на ночь поможет избавиться от импотенции и устранит различные ее причины.